Quando Alien, de Ridley Scott, foi lançado pela primeira vez em 1979, a franquia era um filme de terror visceral com uma estética de ficção científica. Era uma premissa corajosa e relativamente simples, executada com maestria, ganhando elogios instantâneos da crítica. A franquia construiu esse sucesso expandindo seu escopo, aumentando o espetáculo de ação e horror ao militarizar a dinâmica principal dos Aliens de James Cameron. Prometeu ampliou ainda mais o escopo, ousando fazer perguntas sobre a natureza da criação. Alien: Covenant procura fundir as duas metades desta franquia de mais de uma maneira, espalhando a tela com sangue enquanto expande a complexa mitologia de sua criatura homônima e, finalmente, responde de onde vieram.
Os eventos de Prometeu pareciam sugerir que o xenomorfo era pelo menos em parte uma criação dos misteriosos engenheiros. No entanto, o diretor Scott desmentiu essa teoria, provocando os fãs antes do lançamento do sexto filme da franquia.
Em uma entrevista com Collider (via IBT), Scott discutiu a natureza de Alien: Covenant e por que agora é o momento certo para responder a uma pergunta que incomoda os fãs desde o original, lançado há mais de 30 anos:
"Não deveria ter realmente terminado, então voltamos com uma idéia muito simples: quem os criou? [Alien] estava por aí; existe; existe. E é isso que é …
Então, reinventamos a ideia de Alien, eu acho, que é que Covenant nos aproxima um pouco de quem e por que essa coisa foi projetada para criar seres humanos. E se você acha que são eles (os Engenheiros), está completamente errado."
Os comentários francos de Scott provocam um enredo muito maior do que o original, com a sugestão de que este filme trará aos espectadores um "passo mais perto" de entender a natureza das criaturas, sugerindo que o público não receberá todas as respostas desta vez. A sequela de Covenant já está escrita, portanto, é provável que essa questão central fique nos dois filmes. Embora isso possa frustrar os fãs que esperavam respostas concretas, começaram a circular rumores sobre a cadeia evolutiva que liga os humanos, os Engenheiros e os xenomorfos.
Há uma sugestão (publicada em Alien-Covenant.com) de que algum poder superior semeou seres humanos, engenheiros e 3-4 outras iterações de humanóides em muitos universos. Esses seres superiores supostamente têm poderes semelhantes a Deus, incluindo o poder de provocar desastres naturais em grande escala, a fim de mudar e redefinir os ecossistemas. O horror de um xenomorfo atingindo a Terra foi provocado por toda a franquia com o consenso geral de que tal eventualidade levaria a um evento de extinção. Se esses seres superiores existem, eles poderiam ter criado o xenomorfo como uma forma de justiça divina. Neste ponto, porém, os fãs terão que esperar para descobrir.
